De l’utilité des virus
Traduction d’un article intéressant publié par la journaliste Rachel Nuwer sur BBC Future en juin 2020[1]. Quelques remarques en préambule.
Bien que je ne sois pas du tout d’accord avec la fin de l’article suggérant de poursuivre la recherche scientifique pour mieux « exploiter » le potentiel des virus à des fins thérapeutiques, une entreprise qui contribuera à renforcer la résilience de la civilisation industrielle, ce texte présente néanmoins une facette méconnue et surprenante des virus. Il rappelle l’infinie complexité de la vie sur Terre, et par extension, le caractère proprement irresponsable, insensé et suicidaire d’une recherche scientifique qui s’apparente de plus en plus à une OPA hostile sur le vivant. Autre élément digne d’intérêt qui, sans surprise, n’est pas relevé par la journaliste : l’opposition fondamentale entre le rôle des virus en tant que régulateur des populations au sein des écosystèmes et l’objectif de la recherche médicale – rendre durables la croissance et la concentration démographiques de la ressource humaine, un carburant essentiel à la civilisation industrielle dixit Jeff Bezos[2].
N’en déplaise aux régiments de crétins civilisés en guerre contre l’insurrection virale, la vie sur Terre repose entièrement sur la circulation et l’action des virus. Plus généralement, il ne peut y avoir de vie sans mouvement. Les gnous des plaines du Serengeti effectuent des migrations saisonnières. Depuis des temps immémoriaux, les pasteurs nomades habitant la même région migrent eux aussi pour permettre la régénération des zones de pâturage. Les chasseurs-cueilleurs nomades des forêts du bassin du Congo changent régulièrement de campement pour laisser le temps au gibier de se renouveler, et d’autres espèces animales prédatrices comme les suricates agissent de façon similaire[3]. La civilisation industrielle entrave ce mouvement vital avec ses villes, ses sites d’extraction minière, ses déserts mono-espèces que sont les champs de céréales et ses gigantesques infrastructures – routes, chemins de fer, lignes à haute tension, gazoducs, oléoducs, câbles sous-marins, transport maritime et aérien, etc. En remplaçant le mouvement biologique par le mouvement mécanique, la civilisation étouffe la vie. Ce que le civilisé appelle progrès est le meurtre avec préméditation de la biosphère, par strangulation, où la technologie joue le rôle d’instrument de torture intensifiant continuellement la compression au fil des innovations.
Si les virus sont des superprédateurs dont l’action contribue à faire rapidement chuter la surpopulation d’une espèce spécifique afin de laisser de l’espace à d’autres créatures, rétablissant ainsi une diversité synonyme de stabilité, alors la guerre menée par la médecine moderne aux virus pathogènes – et plus généralement à tous les agents infectieux – est une négation absolue des processus écologiques à l’œuvre au sein de la biosphère. Les rationalisations philosophiques ou morales inventées par les civilisés pour légitimer le système de santé moderne prennent toutes racines dans le mythe de la suprématie humaine. Tel un enfant gâté, abêti par sa technologie et son opulence matérielle, trouillardisé par une existence aseptisée, le civilisé répugne à se plier aux seules lois qui gouvernent ce monde et qui s’appliquent à tout être vivant digne d’habiter la Terre. Désormais, le civilisé nie la réalité biologique au point de combattre la mort, c’est dire la profondeur de sa bêtise.
« La civilisation n’est qu’une course sans espoir visant à trouver des remèdes aux maux qu’elle génère. »
Comme l’explique Nicolas Casaux dans l’article « De l’avènement de la civilisation au Covid-19 : trajectoire d’un désastre logique » publié en janvier 2020 sur le site Le Partage, la civilisation, une forme singulière d’organisation sociale très récente à l’échelle de l’histoire humaine et incroyablement minoritaire au regard de la diversité des sociétés humaines existantes et disparues, est depuis le départ une aberration écologique en raison du phénomène urbain[4]. Rappelons ici que l’historien Fernand Braudel écrivait en 1963 dans sa Grammaire des civilisations que si « la ville prolifère à l’étage des civilisations, elle est à peine esquissée au niveau des cultures. » Pour le dire autrement, au cours de leur brève et pathétique histoire, seuls les peuples civilisés ont été assez stupides pour créer des zones concentrationnaires insalubres – les villes – et y faire croître la population au point de favoriser l’émergence et l’essor de nouvelles maladies infectieuses. Ces dernières sont à la fois pur produit de l’hubris du civilisé et fossoyeuses de sa civilisation[5].
Conclusion : cessons d’asphyxier la vie et laissons-la répandre la mort pour le bien de la biosphère, d’autant que les amoncellements de cadavres sont d’une très grande valeur écologique ! C’est ce que nous apprenait en 2019 un article de National Geographic titrant « How 2 Million Pounds of Rotting Flesh Helps the Serengeti » (« Comment 900 tonnes de chair en putréfaction bénéficient au Serengeti[6] »). Les scientifiques estiment que chaque année plus de 6 000 gnous meurent noyés en traversant la rivière Mara, et il s’avère que cette énorme masse de dépouilles équivalente à dix baleines bleus apporte par sa lente décomposition un afflux constant en nuriments essentiels à l’écosystème.
Si tous les virus disparaissaient, le monde serait très différent et les choses ne feraient probablement qu’empirer. Que se passerait-il exactement ?
Les virus semblent n’exister que pour ravager la société et faire souffrir l’humanité. Ils ont pris d’innombrables vies au cours des millénaires, éliminant souvent des pans entiers de la population mondiale – de l’épidémie de grippe de 1918, qui a tué 50 à 100 millions de personnes, aux quelques 200 millions de personnes décédées de la variole au cours du seul XXe siècle. Dans ce continuum d’agressions virales incessantes et permanentes, la pandémie actuelle de Covid-19 n’est qu’un exemple parmi d’autres.
S’il était possible de faire disparaître tous les virus d’un coup de baguette magique, la plupart des gens sauteraient probablement sur l’occasion, d’autant plus aujourd’hui. Mais il s’agirait d’une erreur fatale, plus meurtrière qu’aucun virus ne pourra jamais l’être.
Tony Goldberg, épidémiologiste à l’université du Wisconsin-Madison, en dit davantage :
« Si tous les virus disparaissaient soudainement, le monde serait merveilleux pendant environ un jour et demi, puis l’humanité disparaîtrait. C’est aussi simple que cela. Toutes les choses essentielles apportées par les virus au monde l’emportent largement sur les mauvaises. »
La grande majorité des virus ne sont pas pathogènes pour les humains et ne provoquent donc pas de maladies. De nombreux de virus jouent un rôle essentiel dans le maintien des écosystèmes, d’autres préservent la santé des organismes individuels – des champignons aux plantes en passant par les insectes jusqu’aux êtres humains.
Selon Susana Lopez Charretón, virologue à l’Université Nationale Autonome du Mexique :
« Nous vivons dans un monde en équilibre, un équilibre parfait. Je pense que nous n’aurions aucune chance de survivre sans les virus. »
La plupart des gens n’ont pas conscience du rôle joué par les virus dans le maintien d’une grande partie de la vie sur Terre, car nous avons tendance à concentrer notre attention uniquement sur les virus causant des soucis à l’humanité [« à la civilisation » serait plus précis ici, civilisation qui n’est pas « l’humanité », NdT]. Presque tous les virologues étudient uniquement les agents pathogènes ; ce n’est que récemment que quelques chercheurs intrépides ont commencé à étudier les virus qui nous maintiennent en vie plutôt que de nous tuer.
Goldberg poursuit :
« Il s’agit d’une petite école de scientifiques qui tente de donner une vision juste et équilibrée du monde des virus, afin de montrer qu’il existe de bons virus. »
Les scientifiques sont formels sur une chose cependant : sans les virus, la vie et la planète telles que nous les connaissons cesseraient d’exister. Et même si nous le voulions, il serait vraisemblablement impossible d’anéantir tous les virus sur Terre. Mais en imaginant à quoi ressemblerait un monde sans virus, nous pouvons mieux comprendre leur importance fondamentale pour notre survie. Il nous reste énormément de choses à apprendre à leur sujet.
Pour commencer, les chercheurs ignorent le nombre de virus existant dans le monde. Des milliers ont été officiellement répertoriés, mais il en existerait des millions.
Selon Marilyn Roossinck, écologue spécialiste des virus à l’Université d’État de Pennsylvanie :
« Nous n’avons découvert qu’une petite partie des virus parce que les scientifiques n’ont jamais vraiment cherché. Il s’agit d’un biais dans la recherche, car la science s’est toujours intéressée aux agents pathogènes. »
Les scientifiques ne savent pas non plus quel pourcentage du total des virus représente une menace pour l’humain. « Si vous regardez du côté des chiffres, ce pourcentage devrait statistiquement se trouver proche de zéro », d’après Curtis Suttle, virologue environnemental à l’Université de Colombie-Britannique. « Presque tous les virus qui existent ne représentent pas une menace pour les choses qui nous importent. »
La clé des écosystèmes
Nous savons que les bactériophages (ou phages), c’est-à-dire les virus qui infectent les bactéries, sont d’une importance extrême. Leur nom vient du grec phagein qui signifie « dévorer », et c’est précisément ce qu’ils font. « Ces virus phages sont les principaux prédateurs du monde bactérien », explique Tony Goldberg. « Sans eux, nous aurions de gros problèmes. »
Les phages endossent le rôle de régulateur principal des populations bactériennes dans l’océan, et probablement aussi dans tous les autres écosystèmes de la planète. Si les virus disparaissaient soudainement, certaines populations bactériennes exploseraient probablement ; d’autres pourraient être surpassées en nombre et stopperaient alors leur développement.
Cette situation serait particulièrement problématique dans l’océan où plus de 90 % de toute la biomasse est composée de micro-organismes. Ces derniers produisent environ la moitié de l’oxygène de la planète, un processus rendu possible par les virus. [Parmi les micro-organismes, on trouve virus, bactéries, protozoaires, algues unicellulaires, champignons, amibes, animaux et végétaux du plancton, etc[7]. Il y a cependant des débats pour classer les virus dans le règne du vivant – donc parmi les micro-organismes – étant donné qu’ils ne sont pas autonomes et ont besoin de parasiter une cellule hôte pour métaboliser et se répliquer, NdT]
Chaque jour, les virus tuent environ 20 % de la vie microscopique océanique, et approximativement 50 % des seules bactéries océaniques. En éliminant les micro-organismes, les virus font en sorte que le plancton produisant de l’oxygène dispose de suffisamment de nutriments pour réaliser des taux élevés de photosynthèse, ce qui rend possible une grande partie de la vie sur Terre.
Curtis Suttle :
« Sans la mort, la vie ne pourrait pas exister, car la vie dépend entièrement du recyclage de la matière organique. Et les virus sont très importants pour ce recyclage. »
Les chercheurs qui étudient les insectes nuisibles ont également découvert que les virus sont essentiels au contrôle démographique des espèces. Si la population d’une certaine espèce devient incontrôlable, « un virus émergera pour l’éradiquer », explique Marilyn Roossinck. « C’est une chose tout à fait naturelle dans les écosystèmes. » Appelé Kill the winner [« tuer le vainqueur », NdT], ce processus est également commun à de nombreuses autres espèces, y compris la nôtre. Les pandémies sont là pour en témoigner. « Lorsque la population d’une espèce s’accroit et devient surabondante, les virus ont tendance à se répliquer très rapidement et à faire chuter cette population, libérant ainsi de l’espace pour que toutes les autres créatures puissent vivre », d’après Curtis Suttle. Si les virus disparaissaient soudainement, les espèces compétitives s’épanouiraient probablement au détriment des autres.
La conséquence à cela, selon Suttle :
« Nous perdrions rapidement une grande partie de la biodiversité de la planète. Quelques espèces prendraient le dessus et éradiqueraient tout le reste. »
Certains organismes dépendent également des virus pour leur survie, par exemple pour leur donner un avantage au sein d’un monde où la compétition est omniprésente. Les scientifiques soupçonnent par exemple que les virus jouent un rôle important pour aider les vaches et d’autres ruminants à transformer la cellulose de l’herbe en sucres. Ceux-ci peuvent alors être métabolisés et finalement convertis en masse corporelle ou en lait.
De même, les chercheurs pensent que les virus jouent un rôle primordial dans le maintien d’un microbiome sain chez l’humain et les autres animaux. Suttle apporte quelques précisions :
« Nous comprenons encore mal ces choses-là, mais nous trouvons de plus en plus de preuves qu’il existe un lien étroit entre les virus et le bon fonctionnement des écosystèmes. Ceci est vrai pour l’écosystème interne au corps humain comme pour les écosystèmes externes. »
Roossinck et ses collègues ont découvert des preuves concrètes allant en ce sens. Au cours de leurs travaux, ils ont examiné un champignon qui colonise une espèce de graminée particulière dans le parc national de Yellowstone. Ils ont découvert qu’un virus infectant ce champignon permet à l’herbe de devenir tolérante aux températures élevées d’un sol montrant une forte activité géothermique. « Lorsque les trois éléments sont présents – le virus, le champignon et la plante – alors les plantes peuvent pousser dans des sols où la température est importante, explique Roossinck. « Aidée du seul champignon, la plante n’y arrive pas. »
Dans une autre étude, Roossinck a découvert qu’un virus transmis par les graines de piments jalapeno permet aux plantes infectées de lutter contre les pucerons. Roossinck précise que « les pucerons sont plus attirés par les plantes qui n’ont pas le virus, preuve que le virus est bénéfique à la plante. »
Roossinck et ses collègues ont découvert que les plantes et les champignons transmettent couramment des virus à leur descendance, de génération en génération. Bien qu’ils n’aient pas encore trouvé la fonction de la plupart de ces virus, les chercheurs supposent qu’ils viennent en aide à leurs hôtes d’une manière ou d’une autre. « Autrement, pourquoi se produirait-il une transmission des virus aux générations futures de plantes ? », demande Roossinck. Si tous ces virus bénéfiques disparaissaient, les plantes et les autres organismes qui les hébergent finiraient sans doute par s’affaiblir ou mourir.
Protection des humains
L’infection par certains virus bénins peut même contribuer à repousser certains agents pathogènes chez l’humain.
Le virus GB-C, un virus humain commun transmis par le sang, qui est un parent éloigné non pathogène du virus du Nil occidental et de la dengue, retarderait la progression du sida chez les personnes séropositives. Les scientifiques ont également découvert que le virus GB-C semble réduire le taux de mortalité chez les personnes infectées par le virus Ebola.
De même, le virus de l’herpès rend les souris moins sensibles à certaines infections bactériennes, notamment la peste bubonique et la listeria (un type courant d’intoxication alimentaire). Il serait contraire à l’éthique d’infecter des personnes avec les virus de l’herpès, de la peste bubonique et des bactéries listeria pour reproduire l’expérience sur les souris, mais les auteurs de l’étude pensent que les résultats obtenus chez les rongeurs s’appliquent probablement aux humains.
D’après les scientifiques, alors que l’infection à vie par les virus de l’herpès « est généralement considérée comme uniquement pathogène », les données suggèrent que l’herpès entre en fait dans une « relation symbiotique » avec son hôte en lui conférant des avantages immunitaires. Sans les virus, nous et de nombreuses autres espèces serions davantage prédisposés à succomber à d’autres maladies.
Les virus font également partie des agents thérapeutiques les plus prometteurs pour le traitement de certaines maladies. La phagothérapie, qui a fait l’objet de recherches considérables en Union Soviétique dès les années 1920, utilise des virus pour cibler les infections bactériennes. C’est aujourd’hui un domaine en plein essor, d’abord en raison de la résistance croissante aux antibiotiques ; ensuite parce qu’il est possible d’affiner les traitements pour éliminer des espèces bactériennes spécifiques plutôt que d’anéantir sans discernement des populations bactériennes entières comme le font les antibiotiques.
D’après Suttle, « un grand nombre de vies ont été sauvées grâce à l’utilisation de virus lorsque les antibiotiques échouaient ». Les virus oncolytiques, c’est-à-dire ceux qui infectent et détruisent de façon sélective les cellules cancéreuses, sont également des solutions de plus en plus envisagées pour un traitement moins toxique et plus efficace du cancer. Qu’ils ciblent des bactéries nuisibles ou des cellules cancéreuses, les virus thérapeutiques agissent selon Goldberg « comme de petits missiles microscopiques téléguidés qui pénètrent l’organisme et font exploser les cellules indésirables. Nous avons besoin des virus pour une série de travaux en recherche et développement technologique qui vont nous mener à la prochaine génération de traitements thérapeutiques. »
Parce qu’ils se répliquent et mutent en permanence, les virus constituent également un énorme réservoir d’innovations génétiques que d’autres organismes peuvent intégrer. Les virus se répliquent en s’insérant dans les cellules hôtes et en détournant leurs outils de réplication. Si cela se produit dans une cellule germinale (œufs et spermatozoïdes), de l’ADN viral peut être transmis à la génération suivante et s’intégrer de manière permanente dans le code génétique des descendants. Goldberg note que « tous les organismes qui peuvent être infectés par des virus ont la possibilité d’aspirer les gènes viraux et de les utiliser à leur avantage », et que « l’insertion de nouveaux morceaux d’ADN dans les génomes contribue de façon majeure à l’évolution ». En d’autres termes, la disparition des virus aurait un impact sur le potentiel évolutif de toute vie sur la planète, y compris sur Homo Sapiens.
Les éléments viraux représentent environ 8 % du génome humain, et les génomes des mammifères sont en règle générale parsemés d’environ 100 000 morceaux d’ADN provenant de virus. Le code viral se manifeste souvent sous la forme de bouts d’ADN inertes, mais parfois il confère des fonctions nouvelles et utiles, voire essentielles. En 2018, deux équipes de chercheurs ont fait chacune de leur côté, de manière indépendante, une découverte fascinante. Un gène d’origine virale code pour une protéine qui joue un rôle clé dans la formation de la mémoire à long terme en déplaçant les informations entre les cellules du système nerveux.
L’exemple le plus frappant concerne toutefois l’évolution du placenta des mammifères et le moment de l’expression génique pendant la grossesse humaine. Des preuves indiquent que nous devons notre capacité à donner naissance à un bout de code génétique récupéré à partir d’anciens rétrovirus qui ont infecté nos ancêtres il y a plus de 130 millions d’années. Comme l’écrivaient en 2018 les auteurs de cette découverte dans PLOS Biology : « Il est tentant d’imaginer que la grossesse humaine serait très différente – peut-être même inexistante – s’il n’y avait pas eu, durant des millions d’années, des pandémies rétrovirales affligeant nos ancêtres formant l’arbre de l’évolution. »
Les experts pensent que ces marquages génétiques se retrouvent dans toutes les formes de vie pluricellulaires. Par ailleurs, Suttle ajoute qu’« il y a probablement de nombreuses fonctions qui restent inconnues ».
Les scientifiques commencent seulement à élucider comment les virus contribuent au maintien de la vie, car ce domaine de recherche était délaissé auparavant. En définitive, plus nous en apprendrons sur les virus – pathogènes et surtout non pathogènes – et mieux nous serons équipés pour exploiter certains d’entre eux à bon escient, par exemple pour développer des défenses contre les virus qui pourraient conduire à la prochaine pandémie.
Qui plus est, une meilleure connaissance de la richesse de la diversité virale nous aidera à mieux comprendre le fonctionnement de notre planète, de nos écosystèmes et de nos propres organismes. Curtis Suttle conclut ainsi : « Nous devons faire des efforts pour essayer de comprendre ces choses-là, c’est dans notre intérêt ».
[1] https://www.bbc.com/future/article/20200617-what-if-all-viruses-disappeared
[2] « Nous devons protéger [la Terre] et la façon dont nous la protégerons est en allant dans l’espace. […] Personne n’a envie de vivre dans un monde rétrograde, de vivre sur une Terre où nous devons figer la croissance démographique et réduire la consommation d’énergie. Nous profitons tous d’une civilisation extraordinaire. Elle est alimentée par l’énergie et par la population. C’est pourquoi les centres urbains sont si dynamiques. Nous voulons que la population continue de croître sur cette planète. Nous voulons continuer à consommer plus d’énergie par habitant. »
https://www.theverge.com/2016/6/1/11830206/jeff-bezos-blue-origin-save-earth-code-conference-interview
[3] https://www.partage-le.com/2020/06/27/comment-le-developpement-durable-a-ravage-le-bassin-du-congo-par-jerome-lewis/
https://www.arte.tv/fr/videos/094410-002-A/democraties-animales-1-2/
[4] https://www.partage-le.com/2020/01/25/de-lavenement-de-la-civilisation-au-coronavirus-de-wuhan-trajectoire-dun-desastre-logique/
[5] https://www.bbc.com/future/article/20190218-are-we-on-the-road-to-civilisation-collapse
[6] https://www.nationalgeographic.com/animals/article/wildebeest-serengeti-migration-carcasses
[7] https://fr.wikipedia.org/wiki/Micro-organisme
